インボイスの2割特例、2026年9月で終了——「その後どうする?」を今のうちに決めておく

「インボイス制度が始まったとき、周りに言われるまま登録して、消費税は2割特例で計算してきた。正直、あまり深く考えずにここまで来てしまった」——確定申告のご相談で、こんな声をよくお聞きします。売上の消費税の2割だけ納めればよかったこの特例は、事務負担も軽く、多くの小規模事業者にとって心強い仕組みでした。

ところが、その2割特例には期限があります。しかも、その「終わり」がいよいよ目前に迫っています。何も準備をしないまま終了を迎えると、翌年の申告で「思っていたより納税額が増えてしまった」「簡易課税の届出が間に合わなかった」ということになりかねません。この記事では、2割特例がいつまで使えるのかを正確に押さえたうえで、終了後にどの計算方法を選べばよいのかを、具体的な試算とともに一緒に考えていきます。

「2割特例、もう使えなくなるの?」——まず終了時期を正確に押さえる

2割特例は、免税事業者がインボイス発行事業者(適格請求書発行事業者)になったことで、あらたに消費税を納めることになった小規模事業者の負担をやわらげるための経過措置です。売上にかかった消費税の8割を差し引けるため、結果として納める消費税は売上税額の2割だけで済みます。事前の届出は不要で、確定申告のときに「今回は2割特例で計算します」と選ぶだけでよい、という使い勝手のよさも特徴でした。

この特例は、インボイス制度によって新たに消費税を負担することになった小規模事業者が、いきなり重い納税と事務にさらされないよう、期間を区切って設けられた「激変緩和」の仕組みです。だからこそ、はじめから終わりのある制度として設計されています。

適用できるのは、令和5年10月1日から令和8年9月30日までの日が属する各課税期間です。ここで大切なのは、「令和8年9月30日でピタッと終わり」ではなく、その日を含む課税期間まで使える、という点です。

具体的には、個人事業主の方は暦年(1月1日から12月31日)が課税期間ですから、令和8年分、つまり2026年分の確定申告(2027年に行う申告)まで2割特例を使えます。一方、法人の場合は事業年度が課税期間になりますので、2026年9月30日を含む事業年度までが対象です。たとえば3月決算の法人であれば、2026年10月1日から始まる事業年度(2027年3月期)からは、もう2割特例は使えないことになります。

2割特例の終了時期で注意すべきポイント

• 個人事業主は2026年分(令和8年分)の申告まで、法人は「2026年9月30日を含む課税期間」までが適用の区切りです。
• 法人は決算月によって「いつが最後の2割特例か」が変わるため、自社の事業年度で必ず確認しましょう。
• 適用できるのは、あくまでインボイス登録がなければ免税事業者だった小規模事業者です。基準期間の課税売上高が1,000万円を超えるなど、もともと課税事業者だった方は対象外です。

2割特例が終わると、納税額はどう変わるのか

「特例が終わる」と聞いても、実際にいくら変わるのかが見えないと、なかなか実感がわきません。そこで、税込みの年間売上が550万円(消費税率10%、うち消費税額50万円)のサービス業の個人事業主を例に、計算方法ごとの納税額を比べてみます。

こうして並べてみると、これまで約10万円だった納税額が、何も対策をしなければ計算方法によっては2倍以上に増える可能性があることが分かります。ここで慌てないためにも、「自分の場合はどの方法が一番負担が軽いのか」を、終了前の落ち着いたうちに試算しておくことがとても大切です。

なお、経費の中に消費税がかかる仕入れや外注費が多い業種(小売業や飲食業、建設業など)では、本則課税で実際の仕入れにかかった消費税をきちんと差し引いたほうが有利になるケースもあります。一律に「簡易課税が得」とは言えないのが、消費税の悩ましいところです。

もう一つ見落としがちなのが、「納税のタイミング」です。2割特例のあいだは、売上が伸びても納税額が売上税額の2割で頭打ちだったため、資金繰りの見通しが立てやすい面がありました。終了後に本則課税や簡易課税へ移ると、売上や経費の状況に応じて納税額が動くようになります。特に事業が伸びている方ほど、翌年の納税額が想像以上にふくらむことがあるため、毎月あるいは四半期ごとに「今のペースなら消費税はいくらになりそうか」をざっくり把握しておくと、申告期に慌てずに済みます。

納税額の試算で注意すべきポイント

• 業種や経費構造によって有利な計算方法は変わります。他人の「これが得だった」はそのまま当てはまりません。
• 試算のときは、売上だけでなく、消費税のかかる経費(仕入れ・外注・備品など)がどれくらいあるかも書き出しておきましょう。
• 資金繰りの面でも、納税額が増える前提で、あらかじめ納税用のお金を取り分けておくと安心です。

終了後の三つの選択肢——3割特例・簡易課税・本則課税

2割特例が終わったあとに検討することになるのは、大きく分けて三つの道です。それぞれの特徴を見ていきましょう。

まず簡易課税は、業種ごとに定められた「みなし仕入率」を使って納税額を計算する方法です。実際の経費を集計しなくてよいので事務負担が軽く、みなし仕入率は次のように業種で分かれています。

簡易課税を使うには、基準期間(個人は前々年、法人は前々事業年度)の課税売上高が5,000万円以下であることが要件です。そして最大の注意点は、原則として適用したい課税期間が始まる前までに「消費税簡易課税制度選択届出書」を提出しておく必要があること。届出が一日でも遅れると、その期間は簡易課税を使えません。しかも一度選ぶと原則2年間は変更できない「2年しばり」がある点も押さえておきましょう。

次に本則課税(原則課税)は、実際に支払った消費税を一つひとつ集計して差し引く、いわば消費税計算の本来の姿です。経費に含まれる消費税が多い事業者ほど有利になりますが、帳簿づけやインボイスの保存など事務負担は最も大きくなります。

そして三つ目が、令和8年度税制改正で新設が予定されている「3割特例」です。執筆時点(2026年8月)の情報では、2割特例に代わる新たな負担軽減措置として、売上税額の3割を納税額とする仕組みが検討されています。対象は個人事業主が中心で、令和9年分・令和10年分(2027年・2028年)の2年間、基準期間の課税売上高が1,000万円以下といった要件のもとで、届出なしに申告時に選べる方向とされています。ただし、これは改正法にもとづく制度であり、細かな要件や適用範囲は今後の法令や国税庁の公表で確定していきます。現時点で「必ずこう使える」と決めつけず、最新情報を確認しながら見ていくことが大切です。

あわせて一度考えておきたいのが、「そもそもインボイス発行事業者の登録を続けるかどうか」という点です。取引先が一般消費者や免税事業者ばかりで、相手からインボイス(適格請求書)を求められない事業であれば、登録を取りやめて免税事業者に戻り、消費税の納税自体をしないという選択もありえます。一方、取引先の多くが課税事業者で、インボイスがないと取引に響く場合は、登録を続けたうえで有利な計算方法を選ぶのが現実的です。ご自身のお客さまがどちらのタイプかを整理してみると、進むべき方向が見えてきます。なお、登録を取りやめるにも手続きと期限があるため、判断する場合は早めの確認が欠かせません。

制度選択で注意すべきポイント

• 簡易課税は「事前届出」と「2年しばり」がセットです。使いたい期間が始まる前までの提出を忘れないでください。
• 経費に消費税が多くかかる業種は、簡易課税より本則課税が有利なこともあります。両方で試算して比べましょう。
• 3割特例は令和8年度改正による制度で、内容が固まりきっていない部分があります。断定せず、国税庁の最新情報とあわせて判断することをおすすめします。
• インボイス登録をやめて免税に戻る道もありますが、取引先の顔ぶれ次第では取引に影響します。目先の納税だけで決めないようにしましょう。

今日から始める4ステップ

「何から手をつければいいのか分からない」という方のために、順番にできる準備をまとめました。

1. まず、自分(自社)にとって2割特例が使える最後の期間はいつまでかを確認します。個人なら2026年分まで、法人は決算月から逆算します。
2. 直近1年分の「消費税がかかる売上」と「消費税がかかる経費」をざっくり書き出します。試算の材料になります。
3. その数字をもとに、本則課税・簡易課税(・使えそうなら3割特例)で納税額を試算し、どれが有利かを比べます。
4. 簡易課税が有利そうなら、適用したい課税期間が始まる前までに「簡易課税制度選択届出書」を提出できるよう、提出期限を今すぐカレンダーに書き込みます。

この4つを終えておけば、終了を迎えても「気づいたら選べる制度がなかった」という事態は避けられます。特にステップ4の届出期限は、遅れると取り返しがつかないため、最優先で押さえておきましょう。

おわりに

2割特例の終了は、単に「納税額が増えるかもしれない」という話にとどまらず、「これからどの計算方法で消費税と付き合っていくか」を一度立ち止まって決める、よい機会でもあります。とはいえ、業種ごとの有利不利や届出のタイミング、令和8年度改正で動いている部分まで含めて一人で判断するのは、なかなか大変なものです。当事務所では、実際の数字をお預かりして計算方法ごとの試算を行い、届出の期限管理までお手伝いしています。「うちの場合はどうなるだろう」と少しでも気になったら、終了前の余裕のあるうちに、どうぞお気軽にご相談ください。

＜参考サイト＞

• No.6101 消費税の基本的なしくみ
• No.6501 納税義務の免除
• No.6505 簡易課税制度
• No.6509 簡易課税制度の事業区分
• ２割特例(インボイス発行事業者となる小規模事業者に対する負担軽減措置)の概要
• インボイス制度について

※本記事は執筆時点(2026年8月)の情報に基づいています。制度の詳細および各種手数料は、最新の法令および国税庁の公表内容をご確認ください。